Terveen vauvan suoliston mikrofloora

Terveitten vauvojen suoliston mikroflooran määritykseen parempaa tekniikkaa
Rikstämman uutinen
LÄHDE: Sjöberg F. et al. Comparison of culture and T-RFLP in analysis of faecal microbiota in Swedish infants. TAUSTA

Mahasuolikanava on dynaaminen ekosysteemi ja sen bakteeripopulaatio on jopa 10E14 solua. Kuitenkaan ihmisten ei ole ollut helppoa saada selvyyttä tästä omasta floorastaan Suoliston mikrobit ovat tekijä, mikä antaa pääasialliset stimulukset vauvojen kehittyvälle immuunipuolustukselle Länsimaisessa kulttuurissa vähempi altistuminen korkean hygienian takia voi johtaa allergioitten kehittymiseen tai muihin immuunivälitteisiin tauteihin

Viime vuosiin asti on pidetty viljelytekniikoita riittämättöminä mikrobioottien analyysiin ja sen takia on kehitelty molekyylitekniikkaa kompleksien mikrobiaalisten kolonisaatioitten tutkimiseksi. Tässä esitetään T-RFLP metodia (Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism), missä rajoitutaan bakteerin 16S rRNA geenien fragmenttikokoon.

TYÖN TARKOITUKSENA
on vertailla kvantitatiivisia viljelmiä ja T-RFLP tuloksia terveitten vauvojen suoliston mikrobioottien analysoinnissa.
Samalla konstruoitiin tietuetta, jolla voitaisiin identifioida bakteereita nopeasti T-RFLP menetelmällä fragmenttikokoon perustuen.

METODIT
Terveitä vauvoja tutkittiin 1 ikävuoden aikana säännöllisin välein. Vauvat olivat syntyneet normaalisti synnytyskanavan kautta. Näytteenottokohdat olivat 1. viikko, 2.viikko, 4. viikko 8. v., puolen vuoden ikä ja vuoden ikä. Näytteet viljeltiin kvantitatiivisesti 9 selektiivisessä ja 2 non-selektiivisessä väliaineessa sekä anaerobisissa että aerobisissa olosuhteissa ja jokainen isolaatti spesifioitiin. Samat isolaatit ajettiin spesifisesti T-RFLP metodissa ja niitten huippuasema identifioitiin ja konstruoitiin tietue isolaattifragmentin koosta. Sitten verrattiin viljelytuloksia ja -T-RFLP-tuloksia. Sitten identifioitiin T-RFLP huiput.
T-RFLP metodilla havaittiin kaksi kertaa enemmän bakteeriryhmiä ja lajeja kuin kvantitatiivisella viljelymenetelmällä.

Fakultatiivisesti anaerobeja lajeja:Genus/species:
Enterococcfus sp ( Viljelymetodille herkkä)
Enterobactreriaceae (Viljelymetodille herkkä)
Staphyloicoccus sp.( Viljelymetodille herkkä)
Streptococcus sp.( Herkkä T-RFLP metodille)
Anaerobit, Genus/ species
Anaerostipes cacce ( ei eroa herkkyydessä)
(Eubacterium) sp.( Viljelymetodille herkkä)
Bacterioides sp.(T-RFLP metodille herkkä)
Bifidobacterium sp. (Viljelymetodille herkkä)
Clostridium sp. (ei eroa)
Lactobacillus sp.( ei eroa)
Propionibacterium acnes (Viljelymetodille herkkä)
Ruminococcus gnavus (T-RFLP metodille herkkä)
Sutterella wadswothhensis ( ei eroa)
Veillonella sp.(T-RFLP metodille herkkä)
Muut identifioimattomat (45% kaikista huipuista, T-RFLP metodille herkkiä)

JOHTOPÄÄTÖS
Viljely on hyvä menetelmä fakultatiivisesti anaerobien bakteerien kvantitatiiviseen määrittämiseen. T-RFLP on herkempi useiden obligatorisesti anaerobien bakteerien havaitsemiseen. Kuitenkin bifidobakteerit ja propionibakteerit olivat viljelymenetelmälle herkempiä kuin T-RFLP- menetelmälle. T-RFLP herkkyys vaihteli suuresti eri bakteeriryhmien kesken..
http://abstrakt.sls.se/word/Medicinsk_mikrobiologi.doc.